船舶与海洋工程学院的前身船舶与海洋工程系1959年由原华中工学院朱九思院长受海军委托而创建(朱九思院长曾兼任系主任)。经刘颖、程天柱、郑际嘉等船舶领域知名专家以及一批批科技人员的辛勤工作而发展至今。船舶与海洋工程系分别于1981年、1984年获得硕士学位、博士学位授予权，是全国第一批有学位授予权的学科点，1995年建立船舶与海洋工程博士后流动站，1998年被批准为湖北省重点学科，1990年获轮机工程硕士授予权，2000年获一级学科博士、硕士学位授予权，2007年船舶与海洋工程水动力学湖北省重点实验室通过湖北省科技厅、教育厅组织的会评和现场论证。
2000年，以船舶与海洋工程学科为主体，成立交通科学与工程学院。2008年初，华中科技大学船舶与海洋工程学科基本完成重组，正式成立船舶与海洋工程学院。学院现设有船舶与海洋工程、轮机工程及自动化2个本科专业;船舶与海洋结构物设计制造、轮机工程、水下工程、水声工程四个硕士点和博士点。
